Untuk Siapa Buku Ini Ditulis

Buku ini disusun untuk tiga kelompok pembaca utama:

1. Mahasiswa program studi Kesehatan Masyarakat, Epidemiologi, Kedokteran, dan Ilmu Kesehatan lain yang sedang menempuh mata kuliah biostatistik, epidemiologi, atau metodologi penelitian, dan membutuhkan pegangan praktis untuk tugas akhir maupun skripsi, tesis dan disertasi.
2. Dosen dan peneliti yang ingin mengajarkan atau menerapkan prinsip reproducible research dalam pekerjaan sehari-hari terkait penelitian dan analisis data, tanpa harus berpindah dari kebiasaan menulis laporan akademik.
3. Praktisi kesehatan masyarakat epidemiolog lapangan, staf surveilans di puskesmas dan dinas kesehatan, atau tenaga promosi kesehatan yang bekerja dengan data setiap hari namun belum terbiasa menggunakan perangkat lunak open source seperti R, RStudio dan Quarto.

Saya sengaja tidak mengasumsikan pembaca sudah pernah menulis satu baris kode pun. Bab-bab awal akan menuntun Anda dari nol: menginstal R, mengenal RStudio, hingga menulis dokumen ilmiah dengan Quarto. Namun bagi pembaca yang sudah lebih berpengalaman, bab-bab pada bagian manajemen dan analisis data dirancang cukup mandiri sehingga dapat dibaca langsung tanpa harus mengikuti urutan dari awal.

Mengapa R, RStudio, dan Quarto?

Ada banyak perangkat lunak statistik yang lazim digunakan di dunia kesehatan masyarakat seperti: SPSS, Stata, Epi Info, bahkan Excel, dan lainnya. Aplikasi ini masih tetap relevan saat ini. Namun R memiliki tiga keunggulan yang menjadikannya semakin menjadi standar dalam sains data epidemiologi modern:

• Gratis dan terbuka. R dikembangkan dan dipelihara oleh R Core Team di bawah R Foundation for Statistical Computing, dan dapat digunakan siapa saja tanpa biaya lisensi (R Core Team, 2025). Ini penting bagi institusi pendidikan dan dinas kesehatan dengan anggaran terbatas.
• Ekosistem paket yang sangat luas, termasuk kumpulan paket tidyverse yang dirancang khusus untuk membuat manipulasi dan visualisasi data lebih intuitif (Wickham dkk., 2019), serta paket-paket khusus epidemiologi seperti epiR, epitools, dan survival.
• Reproducibility sebagai prinsip dasar. Ketika seluruh proses pembersihan data, analisis, hingga narasi laporan dituliskan sebagai kode, siapa pun dapat menjalankan ulang analisis tersebut dan mendapatkan hasil yang identik.

Quarto, yang dikembangkan oleh Posit (dahulu RStudio, PBC), melengkapi R dengan kemampuan menulis laporan, artikel, presentasi, bahkan buku ini sendiri, dalam satu dokumen yang menggabungkan teks naratif dan kode yang dapat dieksekusi. Buku ini sendiri ditulis dan diterbitkan menggunakan Quarto.

Bagaimana Buku Ini Disusun

Buku ini terbagi menjadi lima bagian besar setelah bab pendahuluan:

• Bagian I membahas fondasi konseptual manajemen dan analisis data epidemiologi, mengapa data harus dikelola dengan tata kelola yang baik, apa saja jenis dan sumber data kesehatan di Indonesia, serta bagaimana etika dan keamanan data harus dijaga.
• Bagian II mengenalkan perangkat: instalasi R dan RStudio, dasar-dasar sintaks R, dan penulisan dokumen reproducible dengan Quarto.
• Bagian III berfokus pada manajemen data secara teknis: mengimpor data dari berbagai format, membersihkannya, dan mengelola variabel.
• Bagian IV masuk ke analisis data: statistik deskriptif, visualisasi, ukuran asosiasi epidemiologi, regresi, hingga analisis surveilans dan spasial.
• Bagian V menyajikan studi kasus yang mengintegrasikan seluruh keterampilan tersebut pada data yang menyerupai kondisi lapangan sesungguhnya.

Setiap bab dilengkapi contoh kode yang dapat dijalankan langsung, latihan singkat, dan pada beberapa bab yang ada “Catatan Lapangan” yang berisi pengalaman praktis dari kegiatan surveilans maupun penelitian kesehatan masyarakat di Indonesia.

Selamat membaca, belajar dan berlatih. Lebih penting lagi, selamat mencoba sendiri di layar komputer Anda.

Prof. Defriman Djafri, SKM, MKM, PhD